元至元二十七年（公元1290年）春正月戊申日，将大都路总管府改名为都总管府。庚戌日，太白星侵犯牛宿。把储偫提举司改为军储所，品级为从三品。任命河东山西道宣慰使阿里火者担任尚书右丞，同时继续担任宣慰使。癸丑日，月亮侵犯井宿。下令随从大臣的子弟进入国子学学习。安南国王陈日烜派遣他的中大夫陈克用来进贡地方特产。乙卯日，建造祭祀上天用的幄殿。高丽国王王睶派使者来进贡地方特产。丁巳日，派遣使者代行祭祀五岳四渎、海神和后土。戊午日，辽阳自从乃颜叛乱后，百姓生活十分疲惫困苦，发放五千零八十锭钞进行赈济。己未日，赐给镇远王牙忽都、靖远王合带涂金银印各一枚。章吉侵犯甘木里，诸王术伯、拜答寒、亦怜真将其击退。庚申日，赈济马站户的饥荒。给滕竭儿回回屯田的三千户人家提供耕牛和种子。辛酉日，营建懿州的粮仓。壬戌日，制造长甲供给北征的军队。乙丑日，伸思、八儿术答儿、移剌四十、石抹蛮忒四人，因谋反被处死。丙寅日，合丹的残余贼寇尚未平定，命令高丽国征发耽罗的一千戍兵前去讨伐。赐给河西质子军五百人马匹。丁卯日，火星侵犯房宿。高丽国王王睶进言说：“我过去在京师担任宿卫，遭遇林衍叛乱，国内大乱，居住在大同的高丽百姓都被编入户籍，我希望能让他们重新回到高丽成为百姓。”朝廷听从了他的请求。己巳日，将西南番总管府改为永宁路。辛未日，赐给也速带儿所部的一万人一万锭钞。丰闰署的田户闹饥荒，发放六十天的口粮。无为路发大水，免除今年的田租。癸酉日，忻都所部别笳儿的田户闹饥荒，发放九十天的口粮。将临淮府降为盱眙县，隶属于泗州。重新设立兴文署，掌管经籍刻板以及江南学田的钱粮。合丹侵犯辽东海阳。
二月乙亥日初一，设立全罗州道万户府。江西各郡的盗贼尚未平定，下诏让江淮行省分拨一千士兵增援。命令太仆寺不再隶属于宣徽院。丙子日，新归附的屯田户闹饥荒，发放六十天的口粮。顺州的四百九十一名僧人和道士闹饥荒，发放九十天的口粮。戊寅日，月亮侵犯毕宿。开元路宁远等县闹饥荒，百姓和站户逃亡迁徙，发放二千锭钞进行赈济。播州安抚使杨汉英进贡雨毡一千条，驸马铁别赤进贡罗罗斯雨毡六十条、刀五十把、弓二十张。己卯日，兴州兴安闹饥荒，发放九十天的口粮。庚辰日，伯答罕的民户闹饥荒，发放六十天的口粮。辛巳日，搜求河间昔宝赤的户口。癸未日，泉州发生地震。乙酉日，赈济居住在昌平的新归附百姓。丙戌日，将奉先县改为房山县。泉州再次发生地震。己丑日，江西群盗钟明亮等再次投降，下诏将为首的人押送到京师，同时给其余党羽提供粮食。浙东各郡闹饥荒，发放九十天的粮食。庚寅日，月亮侵犯亢宿。辛卯日，重新设立南康、兴国榷茶提举司，品级为从五品。征发虎贲军轮休的士兵二千人前往上都修城。河间路任丘闹饥荒，发放九十天的口粮。癸巳日，晋陵、无锡二县因连绵大雨损害庄稼，一并免除它们的田租。江西贼寇华大老、黄大老等劫掠乐昌各郡，行枢密院将其讨平。阇兀所部的无主遗户闹饥荒，发放六十天的口粮。常宁州百姓遭遇群盗之乱，免除他们的田租。己亥日，保定路定兴闹饥荒，发放五千二百六十四石粟进行赈济。辛丑日，唆欢的庄稼没有收成，发放九十天的口粮。
三月乙巳日，中山的猎户闹饥荒，发放六十天的口粮。戊申日，广济署闹饥荒，发放二千二百五十石粟作为种子。壬子日，火星侵犯钩钤星。蓟州渔阳等地的稻户闹饥荒，发放三十天的口粮。戊午日，拿出忙安仓的米，赈济燕八撒儿所属的四百二十人。己未日，将云南蒙怜甸改为蒙怜路军民总管府，蒙莱甸改为蒙莱路。将福建的猎户、沙鱼皮户释放为民，把相关事务交给有关部门统一管理。征发云州民夫开凿银矿洞。永昌站户闹饥荒，卖子女和奴仆产业的人很多，命令甘肃省赎回，发放米进行赈济。将福州、泉州二州的人匠提举司合并为一个，同时将没有劳役的人释放为民。庚申日，将御史台侍御史品级升为正四品，治书侍御史升为正五品，增设一名蒙古经历，品级为从五品。撤销行司农司以及各道劝农营田司；增加提刑按察司佥事二名，总管劝农事务。四川行省过去迁移到重庆，成都百姓苦于物资供给，下诏重新将治所迁回成都。设立江南营田提举司，品级为从五品，掌管僧寺的资产。将寿州、颍州屯田军的一千九百五十九户释放为民，调派江南戍兵代替他们。凡是隶属于吕合剌、阿尼哥、段贞且没有劳役的工匠，都区别出来成为普通百姓。下诏风宪官员的选拔仍然归御史台负责，按照旧制执行。设置金竹府大隘等四十二寨蛮夷长官。癸亥日，建昌贼寇丘元等自称大老，聚集一千多人，劫掠南丰各郡，建昌副万户将其擒获斩杀。甲子日，杨震龙的残余部众劫掠浙东，负责讨贼的总兵官大多掳掠良民，下令行御史台进行甄别挑选，最终恢复平民身份的有一千六百九十五人。庚午日，因为建昌路广昌县经历钟明亮之乱，免除其田租九千四百四十七石。辛未日，太平县贼寇叶大五聚集一百多人侵犯宁国，全部被擒获斩杀。
夏四月癸酉日初一，皇帝前往上都。婺州螟虫损害庄稼，突然雷雨大作，螟虫全部死亡。丙子日，月亮侵犯井宿。辛巳日，命令大都路用六万二千五百六十四石粟赈济通州、河西务等地的流民。芍陂屯田因为连绵大雨、河水泛滥，损害庄稼二万二千四百八十多亩，免除其田租。癸未日，撤销海道运粮万户府。江淮行省进言：“最近朝廷派遣白絜矩来，与沙不丁商议，让征发兼并民户和宋朝宗族前往京城，这样必然会导致人心动摇，江南百姓正苦于增加赋税、清查人口、搜括马匹的痛苦，此事应当等以后再施行。”朝廷听从了这一建议。阿速敦等二百九十五人缺乏食物，命令核实情况后发放粮食赈济他们。将利津海道运粮万户府改为临清御河运粮上万户府。诸王小薛的部曲一万二千零六十一户闹饥荒，发放六十天的口粮。征发六卫汉军一万人砍伐木材作为修城的材料。甲申日，因为连年饥荒，免除今年的银俸钞，其中在上都、大都、保定、河间、平滦的有一万零一百八十锭，在辽阳省的有一千三百四十八锭多。丙戌日，派遣桑吉剌失等人前往马八儿国访求方术之士。壬辰日，火星在氐宿停留十多天。癸巳日，河北十七郡发生蝗灾。千户也先、小阔阔所部百姓以及喜鲁、不别等民户都闹饥荒，下令河东各郡酌情赈济。千户也不干所部缺乏食物，下令发放粟进行赈济。太傅玉吕鲁进言：“招集斡者所属的亦乞烈，如今已得到六百二十一人，让他们与高丽百姓一起屯田，应当供给他们食物。”下令辽阳行省核实情况后发放。平山、真定、枣强二县发生旱灾，灵寿、元氏二县下大雨和冰雹，一并免除它们的田租。丁酉日，用二千五百锭钞赈济昌平至上都站户中贫困的人。定兴站户闹饥荒，发放三十天的口粮。己亥日，命令考察大都路户籍中贫困患病的百姓，共二千八百三十七人，发放二百石粟进行赈济。庚子日，合丹再次侵犯海阳。重新设立安和署，品级为从六品。
五月乙巳日，撤销秦王典藏司，收回其印信。搜求江南无主的人口、各种牲畜以及钱帛。合丹侵犯开元。戊申日，江西行省管如德、江西行院月的迷失合兵讨伐反寇钟明亮，钟明亮投降，下诏将其捆绑押送到朝廷，管如德等扣留没有押送，钟明亮又率众侵犯赣州。枢密院认为管如德等违抗诏令放走贼寇，请求责问他们，朝廷听从了这一请求。下诏撤销江西行枢密院。庚戌日，陕西南市屯田因降霜损害庄稼，免除其田租。壬子日，赐给诸王铁木儿等军队一万七千人粮食，一人带一个随从的给五石，二人带一个随从的给七石五斗。丙辰日，发放粟赈济御河船户。叙州等处各部落蛮夷进贡雨毡八百条。戊午日，将江西行省迁移到吉州，以便抓捕盗贼。尚书省派人巡视云南银矿洞，获得白银四千零四十八两。上奏设立银场官，品级为从七品。出鲁等一千一百一十五户闹饥荒，发放六十天的口粮。癸亥日，下令：“诸王分地的百姓有诉讼，王傅与所设置的监郡共同审理，没有监郡的，由王傅审理。”平滦一万五千四百六十五户百姓闹饥荒，赈济五千石粟。徽州绩溪贼寇胡发、饶必成被处死。乙丑日，月亮侵犯土星。丙寅日，撤销奉宸库。将江西行尚书省参政杨文璨调任为左丞，杨文璨过了一年还没有赴任，下诏让外剌带代替他。外剌带到任后，杨文璨又代理事务，桑哥于是奏请将杨文璨升为右丞。江西行省进言：“吉州、赣州、湖南、广东、福建因为禁止弓箭，贼寇愈发猖獗，请求依照内地郡县的惯例，允许尉兵持有弓箭。”朝廷听从了这一请求。己巳日，设立云南行御史台。命令彻里铁木儿所部的女直、高丽、契丹、汉军除缴纳地税外，免除其他徭役。江阴发大水，免除田租一万零七百九十石。庚午日，重新设置诸王也只里的王傅，品级为正四品。尚珍署广备等屯发大水，免除其田租。伯要的百姓缺乏食物，命令撒的迷失用五百辆车运送一千石米进行赈济。婺州永康、东阳，处州缙云贼寇吕重二、杨元六等造反，浙东宣慰使史弼将其擒获斩杀。泉州南安贼寇陈七师造反，被讨平。搜求天下阴阳人的户口，同时设立各路的教官，有精通技艺的，每年各进贡一人。
元至元二十七年（公元1290年）六月壬申日初一，将闰盐州升为柏兴府，将普乐州降为闰盐县，金州降为金县。黄河水泛滥于太康，淹没民田三十一万九千八百多亩，免除田租八千九百二十八石。纳邻等站户闹饥荒，发放九十天的口粮。甲戌日，桑州总管黄布蓬、那州长罗光寨、安郡州长闭光过率领蛮民一万多户归附朝廷。丙子日，将保定工匠楚通等三百四十一户释放为民。庚辰日，听从江淮行省的请求，将广济库升为提举司，品级为从五品。采纳江淮省平章沙不丁的建议，认为参政王巨济在核查钱粮方面有才能，赏赐五百锭钞。缮写金字《藏经》，总共耗费黄金三千二百四十四两。广州增城、韶州乐昌因为遭受畲族贼寇之乱，一并免除其田租。杭州贼寇唐珍等人被处死。己丑日，火星侵犯房宿。辛卯日，下令应昌府用一千二百石米供给诸王亦只里的部曲。壬辰日，另外给江西行省发放官印，以便分省讨伐贼寇。泉州发大水。丙申日，征发侍卫兵一万人修缮都城。丁酉日，大司徒撒里蛮、翰林学士承旨兀鲁带进献《定宗实录》。己亥日，棣州厌次、济阳遭遇大风冰雹，损害庄稼，免除其田租。庚子日，听从江西省的请求，征发各省戍兵讨伐贼寇。辛丑日，免除河间、保定、平滦每年所赋丝的一半。怀孟路武陟县、汴梁路祥符县都发大水，免除田租八千八百二十八石。
秋七月，终南等屯因连绵大雨损害庄稼一万九千六百多亩，免除其田租。丙午日，禁止平地、忙安仓酿酒，违反者处以死刑。戊申日，江西连降大雨，赣、吉、袁、瑞、建昌、抚等地的河水都泛滥成灾，龙兴城几乎被淹没。癸丑日，撤销缅中行尚书省。江淮省平章沙不丁，因为仓库官员盗窃欺骗钱粮，请求依照宋朝的法律在脸上刺字并斩断手腕，皇帝说：“这是回回人的法律。”没有应允。免除大都路每年所赋的丝。戊午日，贵州猫蛮三十多人作乱，劫掠顺元路，攻入城中，接着攻打阿牙寨，杀伤官吏，其势力逐渐壮大。湖广省发公文让八番蔡州、均州二万户府以及八番罗甸宣慰司联合兵力讨伐他们。凤翔屯田因连绵大雨损害庄稼，免除其田租。建平贼寇王静照被处死。辛酉日，火星侵犯天江星。壬申日，皇帝驻跸在老鼠山西。乙丑日，芜湖贼寇徐汝安、孙惟俊等人被处死。丙寅日，云南阇力白衣甸酋长所管辖的共十一甸归附朝廷。丁卯日，采纳桑哥的建议，下诏派遣庆元路总管毛文豹搜求宋朝时民间的金银等物品，不久后停止了这一行动。沧州乐陵发生旱灾，免除田租三万零三百五十六石。江夏河水泛滥，损害庄稼六千四百七十多亩，免除其田租。魏县御河泛滥，损害庄稼五千八百多亩，免除田租一百七十五石。
八月辛未日初一，发生日食。将广东道真阳、洽光二县合并为英德州。沁水泛滥，损害冀氏百姓的田地，免除其田租。禁止众人阻挠平阳、太原、大同的税收。丁丑日，广州清远大水，免除其田租。庚辰日，免除大都、平滦、河间、保定四路流民的租赋以及酒醋税。丁亥日，再次将四川南道宣慰司迁移到重庆府。因为南安、赣、建昌、丰州曾经遭遇钟明亮之乱，全部免除其田租。癸巳日，发生大地震，武平尤为严重，压死按察司官以及总管府官王连等人和百姓七千二百二十人，毁坏仓库局四百八十间，民居受损不计其数。己亥日，皇帝听闻武平地震，担心乃颜的党羽入侵，派遣平章政事铁木儿、枢密院官塔鲁忽带率领五百士兵前往查看。
九月壬寅日，河东山西道闹饥荒，下令宣慰使阿里火者用炒米赈济百姓。癸卯日，岁星侵犯鬼宿。再次严格禁止汉人打猎。乙巳日，禁止诸王派遣僧人建寺扰民。下令河东山西道宣慰使阿里火者拿出大同的钞本二十万锭，购买米赈济饥民。平章政事阇里铁木儿率领军队与合丹在瓦法交战，大破合丹军。丁未日，御河在高唐决口，淹没民田，命令有关部门堵塞决口。戊申日，武平发生地震，盗贼趁机抢劫，百姓更加忧虑恐惧。平章政事铁木儿根据实际情况自行决定免除租赋，取消商税，放宽酒禁，斩杀为盗之人；发放八百四十锭钞，转运海运米一万石来赈济百姓。金竹府知府扫闾进贡马匹和雨毡，并且说：“金竹府虽然已经归附朝廷，但蛮民大多还未顺服。最近我与赵坚招降了竹古弄、古鲁花等三十多寨，请求设立县，设置长官、总把，参用当地土人。”朝廷听从了这一请求。己酉日，福建省因为辖区内盗贼蜂起，请求增加戍兵，命令江淮省调派下万户的一支军队前往。征发蒙古都万户府探马赤军五百人驻守鄂州。辛亥日，修建东海广德王庙。丙辰日，大赦天下。丁卯日，命令江淮行省核查行教坊司所管理的江南乐工的租赋，在宿迁之北设置四个巡检司。将所罢除的陆运民夫改为士兵，护送会通河上供的物资，禁止征发百姓拉船。
冬十月壬申日，封皇孙甘麻剌为梁王，赐金印，出镇云南。癸酉日，在太庙祭祀祖先。甲戌日，设立会通汶泗河道提举司，品级为从四品。丁丑日，尚书省大臣进言：“江阴、宁国等路发大水，百姓流离失所的有四十五万八千四百七十八户。”皇帝说：“这种情况何必等待上奏，应当迅速赈济！”总共拿出粟五十八万二千八百八十九石。己卯日，增加上都留守司副留守、判官各一员。听从甘肃行省的请求，征签管辖区内百姓一千三百人作为士兵，来戍守边境。辛巳日，太白星侵犯斗宿。只深所部八鲁剌思等闹饥荒，命令宁夏路给三千石米进行赈济。禁止大同路酿酒。乙酉日，门答占从行御史台入朝觐见皇帝。梁洞梁宫朝、吴曲洞吴汤暖等总共二十洞，率领二千多户归附朝廷。丁亥日，赐给北边币帛十万匹。己丑日，新制作太庙登歌、宫悬乐。因为昔宝赤每年到成都捕捉鸬鹚扰民，下令停止此事。
十一月辛丑日，广济署洪济屯发大水，免除租税一万三千一百四十一石。兴、松二州降霜损害庄稼，免除其田租。隆兴苦盐泺等驿站闹饥荒，发放七千锭钞进行赈济。丁未日，大同路蒙古人多有冒名领取粮食的情况，设置千户、百户十员，由达鲁花赤总管，食粮户中以富充贫的，没收其一半家产。戊申日，月亮遮掩镇星。桑哥进言：“以前奉诏，内外官员接受任命而不赴任以及任满离职的官员居住五年不赴吏部铨选的，罢官不再录用。我认为如果没有大的过错，不可以终身弃用。”皇帝再次同意了他的请求。江淮行省平章不怜吉带进言：“福建的盗贼已经平定，只有浙东一带，地处极为偏远险恶，是盗贼的巢穴。现在调回三万户，让合剌带的一支军队驻守沿海的明州、台州，亦怯烈的一支军队驻守温州、处州，札忽带的一支军队驻守绍兴、婺州。至于宁国、徽州，起初使用土兵，后来他们都与贼寇勾结，现在让高邮、泰两万户汉军易地驻守。扬州、建康、镇江三城，横跨大江，人口密集，设置七万户府。杭州是行省诸司府库所在地，设置四万户府。水战的方法，过去只有十处演练场所，现在选择濒海沿江的要害二十二处，分兵演习，侦察各路盗贼。钱塘控扼海口，过去设置战船二十艘，所以海贼时常出没，抢夺船只杀人，现在增置战船一百艘、海船二十艘，所以盗贼不敢再行动。”朝廷听从了这一建议。庚戌日，撤销云南会川路采碧甸子的机构。甲寅日，禁止上都酿酒。乙卯日，贵赤三百三十户缺乏食物，发放粟进行赈济。己未日，禁止山后酿酒。庚申日，赐给伯颜所率领的军队，币帛各一万三千四百匹、绵三千四百斤。辛酉日，月亮遮掩左执法星。隆兴路降霜损害庄稼，免除其田租五千七百二十三石。壬戌日，大司徒撒里蛮、翰林学士承旨兀鲁带进献《太宗实录》。癸亥日，黄河在祥符义唐湾决口，太康、通许，陈、颍二州深受其害。甲子日，御史台进言：“江南盗贼兴起，讨贼官员贪图劫掠财物，又把人口作为赠送的礼物，请求将这些人口送还他们的家中。”皇帝赞许并采纳了这一建议。将河北河南道提刑按察司的治所迁移到许州。撤销大都东西二驿的脱脱禾孙，由通政院统一管理。乙丑日，易水泛滥，雄、莫、任丘、新安的田地房屋被淹没无遗，命令有关部门修筑堤坝阻挡洪水。丙寅日，搜求辽阳的马六千匹，挑选肥壮的马供给阇里铁木儿所部军队。丁卯日，设立新城榷场、平地脱脱禾孙，派遣使者核查延安屯田情况。将南雄州降为保昌县，韶州降为曲江县。
十二月辛未日，将卫尉院改为太仆寺。戊寅日，免除大都、平滦、保定、河间从至元二十四年至二十六年拖欠的租税十三万零五百六十二石。己卯日，命令枢密院搜求江南民间的兵器，并禁止将士习武，如同戊子年的诏令一样。甲申日，派遣兵部侍郎靳荣等核查安西、凤翔、延安三道的军户，原来登记有四千户，又查出三万三千二百八十丁，枢密院想让他们当兵，桑哥不同意，皇帝听从了桑哥的意见。丙戌日，兴化路仙游贼寇朱三十五聚集众人侵犯青山，万户李纲将其讨平。京兆省上报屯田所出卖羊的价款钞六百零九锭，下令赐给札散、暗伯的贫困百姓。辛卯日，月亮侵犯亢宿。乙未日，起初将万亿分为四库，把金银输送到内府，到这时设立提举富宁库，品级为从五品，来掌管此事。大同路百姓大多流离失所，免除其田租二万一千五百零八石。洪赞、滦阳驿站闹饥荒，发放六十天的口粮。不耳答失所部灭乞里闹饥荒，发放九十天的口粮。下诏让诸王乃蛮带、辽阳行省平章政事薛阇干、右丞洪察忽，挑选蒙古军一万人分别驻守双城及婆娑府诸城，以防备合丹的军队。己亥日，将溧阳路降为县，并入建康。湖广省上报两年的税收珍珠九万零五百一十五两。处州青田贼寇刘甲乙等聚集一万多人侵犯温州平阳。这一年，按照每年的惯例赐给诸王、公主、驸马金、银、钞、币。命令帝师西僧依次在万寿山厚载门、茶罕脑儿、圣寿万安寺、桓州南屏庵、双泉等地方做佛事、坐禅，共七十二次法会。判处死罪七十二人。
元至元二十八年（公元1291年）春正月壬寅日，太白星、荧惑星、镇星汇聚于奎宿。癸卯日，赐给诸王爱牙赤印信。命令玄教宗师张留孙设醮祭祀星辰三日。上都依靠官府供给粮食的百姓众多，下诏雇佣百姓运送十万石米到上都，官府定价每石四十两，命令留守木八剌沙总管此事。辛亥日，将汴梁至正阳、杞县、睢州、中牟、郑、唐、邓十二站的站户释放为民。癸丑日，高丽国派使者来进贡地方特产。丁巳日，派遣贵由赤四百人北征。辛酉日，撤销江淮漕运司，并入海船万户府，通过海道进行漕运。将浙西金玉人匠提举司并入浙西道金玉人匠总管府。将无为、和州二路、六安军降为州，巢州降为县，并入无为州，一并隶属于庐州路。将安丰府升为路，将寿春府、怀远军降为县，怀远县并入濠州，一并隶属于安丰路。将各处行省理问所升为四品。免除江淮贫民从至元十二年至二十五年所拖欠的田租二百九十七万六千多石，以及二十六年未缴纳的田租十三万石、钞一千一百五十锭、丝五千四百斤、绵一千四百三十多斤。撤销淘金提举司，设立江东两浙都转运使司。壬戌日，因为札散、秃秃合在瓮古之地统领军队，命令有关部门供给他们军需物资，下令大同路发放米赈济瓮古的饥民。尚书省大臣桑哥等人因罪被罢职。
二月辛未日，赐给也速带儿所部士兵骟马一万匹。将万亿库的金银迁移到禁中的富宁库。尚书省进言：“大同依靠官府供给粮食的有七万人，每年需用米八十万石，派遣使者复查验证，发现不应当供给的有一万三千五百人，请求追回已供给的粮食。”朝廷听从了这一请求。癸酉日，任命陇西四川总摄辇真术纳思为诸路释教都总统。将福建行省改为宣慰司，隶属于江西行省。下诏：“行御史台不听从行省的指挥调度。”云南行省进言：“叙州、乌蒙水路险恶，船只多有破损沉没，应当从叶稍水站出发走陆路，经过中庆，又经过盐井、土老、必撒各蛮族地区，到达叙州庆符，可以整治为驿路，共设立五个驿站。”朝廷听从了这一建议。也速带儿、汪总帅进言：“近来的制度规定，和顾和买不涉及军户，如今一切都与民户相同。”下诏从今以后军户不用缴纳。丙子日，撤销征理司。上都、太原闹饥荒，免除至元十二年至二十六年民间所拖欠的田租三万八千五百多石，派遣使者会同按察司赈济大同、太原的饥民，每人供给两个月或三个月的粮食。因为是桑哥的党羽，撤销扬州路达鲁花赤唆罗兀思的职务。派遣官员复查验证水达达、咸平的贫民情况，进行赈济。丁丑日，任命太子右詹事完泽为尚书右丞相，翰林学士承旨不忽木为平章政事，下诏通告天下。用列兀难的粳米赈济贫民。己卯日，派遣官员拿着香火到中岳、南海、淮渎祈祷。设立金齿等处宣慰司都元帅府。让上都虎贲士二千人屯田，官府供给牛具和农器，花费钞二万锭。因为云南曲靖路宣抚司所管辖的地域广阔，民心尚未安定，改立曲靖等处宣慰司、管军万户府来镇守该地。辛巳日，将湖广行省八番罗甸司重新隶属于四川省。壬午日，因为桑哥压制御史台的纲纪，又鞭打监察御史，命令御史大夫月儿鲁辨明此事。癸未日，月亮侵犯左执法星。皇帝前往上都，当天驻扎在大口，又召集御史台及中书、尚书两省官员辩论桑哥的罪行。再次将阑遗监隶属于宣徽院。下诏不要阻挠山东转运使司的税收。甲申日，太白星侵犯昴宿。命令江淮行省核查沙不丁所总管的詹事院在江南的钱粮。乙酉日，设立江淮、湖广、江西、四川等处行枢密院，下诏晓谕中外，江淮行枢密院治所设在广德军，湖广行枢密院治所设在岳州，江西行枢密院治所设在汀州，四川行枢密院治所设在嘉定。丙戌日，下诏：“将提刑按察司改为肃政廉访司，每道仍然设置官员八员，除两名使官留在司署总管一道事务外，其余六人分别巡视所管辖的地区，如民事、钱粮、官吏的奸邪弊病等一切事务都委托他们处理，等到年终，由省、台派遣官员考核他们的工作成效。”任命集贤大学士何荣祖为尚书右丞，集贤学士贺胜为尚书省参知政事。下诏江淮行省派遣蒙古军五百人、汉兵一千人，跟随皇子镇南王镇守扬州。逮捕河间都转运使张庸，仍然派遣官员核查他的事情。丁亥日，营建宫城南面的周庐，用来让宿卫的士兵居住。逮捕湖广的要束木押送到京师，戊子日，登记要束木的家产，黄金总共四千两。辛卯日，封诸王铁木儿不花为肃远王，赐给他印信。壬辰日，雨水损坏太庙第一室，将神主牌位迁移到别的殿堂供奉。癸巳日，登记桑哥的家产。派遣行省、行台官员发放粟，赈济徽州绩溪，杭州临安、余杭、于潜、昌化、新城等县的饥民。命令江淮行省参政燕公楠整治盐法的弊端。丁酉日，下诏加封岳、渎、四海的封号，分别派遣官员到祠庙祭告。
三月己亥日初一，真定、河间、保定、平滦闹饥荒，平阳、太原尤其严重，百姓流离失所去寻找食物的有六万七千户，因饥饿而死的有三百七十一人。桑哥妻子的弟弟八吉由担任燕南宣慰使，因为收受贿赂积累赃款被处死。仆倒桑哥辅政的石碑。太原闹饥荒，严格实行酒禁。丁未日，月亮侵犯御女星。己酉日，月亮侵犯右执法星。庚戌日，月亮侵犯太微东垣上相星。甲寅日，常德路发大水，免除田租二万三千九百石。乙卯日，太白星侵犯五车星。乃颜所属的牙儿马兀等同女直兵五百人追杀内附的百姓一千多人，派遣塔海率领一千人平定此事。辛酉日，吕连站木赤五十户闹饥荒，赈济三个月的粮食。征发侍卫兵修建紫檀殿。壬戌日，任命甘肃行省右丞崔彧为中书右丞。南丹州莫国麟入朝觐见，授予莫国麟安抚使、三珠虎符。杭州、平江等五路闹饥荒，发放粟进行赈济，同时放宽湖泊蒲草、鱼类的禁令。溧阳、太平、徽州、广德、镇江五路也闹饥荒，如同赈济杭州一样进行赈济。武平路闹饥荒，百姓被盗贼和军队所困扰，免除其去年的田租。凡是州郡田地曾经遭受灾害的，全部免除其田租，没有遭受灾害的免除十分之五。撤销甘州转运司。江淮的豪强大户大多向权贵行贿，成为府县的卒史，庇护自家门户，遇到有差役赋税，只让贫民承担，下诏江淮行省严禁这种行为。赈济辽阳、武平的饥民，同时放宽捕猎的禁令。
夏四月己巳日，禁止屠宰母羊。甲戌日，下诏各路府、州、司、县的正副职官员兼管诸军奥鲁。因为地震的缘故，免除在武平籍的侍卫兵今年的徭役。增设钦察卫经历一员，任用汉人为之，其余不得以此为例。庚辰日，放宽杭州西湖捕鱼捉鸟的禁令，听任百姓捕鱼。丙戌日，下诏凡是拖欠斡脱银的，偿还都以钞为标准。乙未日，岁星侵犯舆鬼宿。用沙不丁等人的米赈济江南的饥民。召朱清、张瑄到朝廷。庚寅日，将总制院并入宣政院。因为钞法的缘故，召叶李返回京师。乙未日，将湖广行枢密院的治所迁移到鄂州。丙申日，用三千石米赈济阔里吉思的饥民。
五月戊戌日，召江西行枢密院副使阿里到朝廷，将章佩监的品级升为三品。派遣脱脱、塔剌海、忽辛三人追究僧官江淮总摄杨琏真伽等人盗用官物的事情。任命参知政事廉希恕为湖广等处行省右丞，行海北海南道宣慰使都元帅，琼州安抚使陈仲达为海北海南道宣慰使都元帅，湖广行省左右司郎中不颜于思、别十八里副元帅王信并为同知海北海南道宣慰司事副元帅，都佩戴虎符，率领二千二百人去征讨黎蛮，僚属都听从陈仲达的征召任命。设立左右两江宣慰司都元帅府。壬寅日，月亮侵犯少民星。将江淮行枢密院的治所迁移到建康。甲辰日，中书省大臣麦术丁、崔彧进言：“桑哥执政四年，众多大臣大多通过行贿得以晋升，亲信旧友都被授予重要官职，只做欺瞒蒙蔽皇帝、剥削百姓的事情，应当让两省严加考核，一并除名成为平民。”朝廷听从了这一建议。要束木因为是桑哥妻子的党羽担任湖广行省平章，到这时因数十件不法之事获罪，下诏用刑具将他押送到湖广省处死。辛亥日，因为太原及杭州闹饥荒，免除今年的田租。增设河东道宣慰使一员。征召太子赞善刘因；刘因之前担任太子赞善，因为继母生病而离职，到这时继母去世，以集贤学士的职位征召他，他没有应召。撤销脱脱、塔剌海、忽辛等人核查僧官钱粮的事务。撤销江南六提举司每年输送木绵的任务。巩昌过去只有总帅府，桑哥特意将其升为宣慰司，让他的弟弟答麻剌答思担任宣慰使，桑哥失败后，答麻剌答思害怕被诛杀而自杀，到这时恢复为总帅府。增设异珍、御带二库，品级为从五品，一并设置提点、使、副各一员。裁减中外多余的官员三十七员。在宫城中建造葡萄酒室及女工室。下诏因为桑哥的罪恶将其关入狱中审问，诛杀他的党羽要束木、八吉等人。发兵堵塞晃火儿月连地的河渠，修建城堡，命令蒙古戍兵在川中屯田来抵御贼寇。癸丑日，撤销尚书省，其事务都并入中书省，将尚书右丞相、右詹事完泽改为中书右丞相，平章政事麦术丁、不忽木并为中书平章政事，尚书右丞何荣祖为中书右丞，尚书左丞马绍为中书左丞，参知政事贺胜、高翥并为参知中书政事；征东行尚书省左丞相、驸马高丽国王王睶为征东行中书省左丞相。撤销大都烧钞库，依照旧制，各路的昏钞让行省官员监督烧毁。增设户部司计、工部司程，品级为正七品。甲寅日，月亮侵犯牛宿。赈济上都、桓州、榆林、昌平、武平、宽河、宣德、西站、女直等驿站的饥民。乙卯日，因为政事都委托给中书省，仍然派遣使者布告中外。下诏禁止丢失钱粮的人找借口到京师。丁巳日，建造两座白塔，各高一丈一尺，用来让咒师朵四的性吉等七人居住。何荣祖将公规、治民、御盗、理财等十件事编纂成一本书，名为《至元新格》，命令刻版发行，让各个部门遵守。桑哥曾经因为刘秉忠没有儿子，没收他的田土，刘秉忠的妻子窦氏说刘秉忠曾经收养侄子兰章为嗣子，下诏将一百顷土地归还给他。己未日，任命门答占再次担任御史大夫，行御史台事。高丽国王王睶请求让他的儿子謜为世子，下诏立謜为高丽王世子，授予特进上柱国，赐银印。
元至元二十八年（公元1291年）正月，天象奇异，太白星、荧惑星、镇星汇聚于奎宿。朝廷赐给诸王爱牙赤印信，还让玄教宗师张留孙设醮祭祀星辰三日。考虑到上都依靠官府供粮的百姓众多，便下诏雇人运米十万石至上都，由留守木八剌沙总管此事。随后，将汴梁至正阳等地十二站的站户释放为民，高丽国也按惯例遣使来进贡特产。期间还派遣贵由赤四百人北征，对江淮漕运司等机构进行调整，并入海船万户府，同时整合一些匠户管理机构，对部分地区行政级别进行升降调整，还大规模免除江淮贫民多年拖欠的田租及相关赋税，撤销淘金提举司，设立江东两浙都转运使司。后来又因军事部署，命令有关部门供给札散、秃秃合军需，让大同路赈济瓮古饥民，而尚书省大臣桑哥等人因罪被罢职，一场官场变动就此拉开帷幕。
二月，朝廷赐给也速带儿所部士兵骟马一万匹，并将万亿库金银转移到禁中富宁库。尚书省核查发现大同不应供粮的人数，请求追回多发粮食，得到批准。在宗教与行政方面，任命辇真术纳思为诸路释教都总统，将福建行省改为宣慰司，隶属江西行省，还强调行御史台不听从行省指挥。云南行省提议开辟新驿路，也速带儿等人反映军户负担问题，均得到朝廷回应。之后撤销征理司，因上都、太原饥荒，免除多年拖欠田租并进行赈济，还因桑哥党羽问题，处置了扬州路达鲁花赤唆罗兀思，核查赈济水达达、咸平贫民。在人事任命上，完泽为尚书右丞相，不忽木为平章政事，同时用粳米赈济贫民，派人到中岳等地祈祷，设立金齿等处宣慰司都元帅府，安排上都虎贲士屯田，对云南部分地区行政机构进行调整，将湖广行省八番罗甸司重新划归四川省。此外，因桑哥压制御史台纲纪等事，命令御史大夫月儿鲁辨明，皇帝前往上都途中召集官员辩论桑哥罪行，重新安排阑遗监隶属，下诏保障山东转运使司税收，命令江淮行省核查沙不丁相关钱粮，设立多个行枢密院并明确治所，改革提刑按察司为肃政廉访司并规定职责，任命何荣祖、贺胜等官职，安排江淮行省派兵随皇子镇南王镇守扬州，逮捕河间都转运使张庸并核查，营建宫城南面周庐安置宿卫士兵，逮捕湖广要束木并登记其家产，封铁木儿不花为肃远王，因雨水损坏太庙而迁移神主牌位，登记桑哥家产，赈济多地饥民，让燕公楠整治盐法弊端，最后下诏加封岳、渎、四海封号并派人祭告。
三月，真定、平阳等地饥荒严重，百姓流离失所甚至饿死多人。桑哥妻弟八吉由因受贿积赃被处死，其辅政碑也被仆倒，太原因饥荒严格实行酒禁。这期间，多次出现天象异常，如月亮、太白星等侵犯其他星宿。常德路发大水，免除田租，乃颜所属部众追杀内附百姓，朝廷派塔海平定。吕连站部分人闹饥荒，进行赈济，还征发侍卫兵修建紫檀殿，任命崔彧为中书右丞，南丹州莫国麟入朝被授予官职。杭州等地五路饥荒，发放粟赈济并放宽相关禁令，溧阳等五路同样饥荒也依例赈济，武平路因饥荒和盗贼军旅困扰免除去年田租，受灾地区全免田租，未受灾地区免一半，撤销甘州转运司，严禁江淮豪强大户行贿逃避差赋的行为，同时赈济辽阳、武平饥民并放宽捕猎禁令。
四月，朝廷禁止屠宰母羊，下诏地方官员兼管诸军奥鲁，因武平地震免除当地籍侍卫兵今年徭役，增设钦察卫经历且任用汉人，放宽杭州西湖捕鱼禁令，规定拖欠斡脱银以钞偿还，用沙不丁的米赈济江南饥民，召朱清、张瑄到朝廷，将总制院并入宣政院，因钞法问题召叶李回京师，迁移湖广行枢密院治所到鄂州，用米赈济阔里吉思饥民。
五月，召江西行枢密院副使阿里到朝廷，升章佩监品级，派脱脱等人追究僧官杨琏真伽盗用官物。在军事与行政任命上，任命廉希恕、陈仲达等人官职，率领士兵征讨黎蛮，设立左右两江宣慰司都元帅府。之后又迁移江淮行枢密院治所，中书省大臣提议考核桑哥时期官员并除名，要束木因不法被处死，因太原、杭州饥荒免除今年田租，增设河东道宣慰使，征召刘因未成功，撤销脱脱等人核查僧官钱粮事务，撤销江南六提举司输木绵任务，巩昌恢复总帅府，增设异珍、御带二库并配置官员，裁减多余官员，建造葡萄酒室和女工室，将桑哥关入狱中审问并诛杀其党羽，发兵堵塞河渠、修建城堡、安排蒙古戍兵屯田御寇。接着，撤销尚书省并入中书省，对众多官员进行职务调整，撤销大都烧钞库恢复旧制，增设户部、工部相关官职，赈济多地驿站饥民，布告政事委托中书省，禁止丢失钱粮者借口到京师，建造白塔安置咒师，颁布《至元新格》让各部门遵守，归还刘秉忠家田土，任命门答占为御史大夫行御史台事，立高丽国王子謜为世子并赐印。
六月，禁止蒙古人前往回回地经商，因湖广饥荒，调剌里海牙的七万石米进行赈济。在地方行政与军事方面，在洞蛮镇远设立黄平府，任命兀难为梁王傅，洗国王洞主等人来朝，增派江淮行院兵打击四路盗贼，安排汴梁逃人成家并给予农具耕种，规定屯田官三年一换并在各屯内调用，对江淮依赖杨琏真加势力不缴租的百姓，要求依例征输，出现月亮侵犯毕宿的天象，将涟、海二州划归山东宣慰司。
七月，云南省参政怯剌建议在建都产金之地设冶炼厂，朝廷批准。出现太白星侵犯井宿的天象，下诏晓谕尚州等处洞蛮夷，迁移江西行枢密院治所到赣州。大都饥荒，拿出二十五万四千八百石米赈济。扬州路学正李淦上书弹劾叶李妄举桑哥，虽叶李已卒，仍授予李淦江阴路教授以表彰直言，归还行台监察御史周祚妻子及被没收的家资，此前周祚因弹劾行尚书省官被桑哥诬陷。朝廷禁止屠宰马牛，强调江南重囚依旧制奏报处决，撤销江南诸省买银提举司，招集宋时涅手军充兵并任命各级将领，因辽阳诸路连年灾荒且有战事，百姓饥苦，发放二万石米赈济。之后，召交趾王弟等人到京师，赐师壁洞等地相关机构印信并明确品级，桑哥被诛杀，招募百姓耕种江南荒地，派憨散平定江南盗贼，将江阴路、宜兴府降格并调整隶属关系，迁移扬子县治所，分设上海县，松江府隶属行省，撤销多个提举司，将相关事务归有司管理，因都城被雨损坏，发兵二万人修筑，增设各卫经历且任用汉人，放宽畿内秋耕禁令。
八月，平阳发生地震，大量民房毁坏，百姓伤亡。太白星侵犯舆鬼宿，设置中书省检校考核户、工部文案。撤销多个机构和海中水站，抚州路饥荒免去去年未缴田租。马八儿国遣使进贡花牛等。出现月亮侵犯牵牛宿的天象，大名部分县因霖雨灾害免田租，诏谕思州官员招安叛蛮，撤销云南四州设立东川府。岁星侵犯轩辕大星，派麻速忽等人到云南捕黑虎，太白星又先后侵犯轩辕大星和岁星，咀喃藩邦遣使进贡。婺州发大水免田租，命令工部造飞车，出现月亮遮掩荧惑的天象。
九月，让麦术丁商议中书省事，以咱喜鲁丁代替其平章政事之职。景州等地因霖雨灾害免田租，设立行宣政院，治所在杭州，设置安西等地屯田总管府，太白星侵犯右执法星，襄阳有百姓妻子一胎产三男。安南王遣使上表进贡并请罪，徽州绩溪县因贼乱未平免二十七年田租，禁止宣德府田猎，调整酒醋课隶属关系，设立乞里吉思至外剌等六驿，任命杨祥等人官职准备征琉求，后又因吴志斗建议改为招谕，最终杨祥等人未到达琉求，志斗死于途中且死因存疑。因岁荒免平滦屯田二十七年田租，出现荧惑星、太白星侵犯其他星宿的天象，迁移四川行枢密院治所到成都，将四翼蒙古兵重新隶属蒙古都万户府，派铁里等人出使俱蓝等国，岁星侵犯少民星，免大都今年田租，保定等地大水，受灾全免田租，收成者免一半，派别铁木儿等人出使他国，尚衣局制作无缝衣。
十月，赐薛彻温都儿等九驿贫民三个月粮食，修缮真定倾坏的太庙，任命雪雪的斤为中书省平章政事，祭祀太庙，派人开仓赈济大同屯田兵和教化的所部饥军。江淮行省因盐课不足请求派兵巡捕私盐，得到批准，塔剌海等人因理算钱谷受贿被诛杀。召高丽国王及公主到朝廷，罗斛国王遣使上表进贡，因高丽国饥荒供给十万斛米，撤销各处行枢密院，将八番洞蛮从四川划归湖广行省。出现月亮侵犯轩辕大星等天象，在洞蛮烂土立定云府，对部分地区进行行政调整，严行山后酒禁，中书省汇报洞蛮进贡事宜获诏准，出现月亮侵犯太微东垣上相的天象，下令将琏真加等人的妻子押送到京师，召集行省转运司官到京师商议治赋法，赈济诸王出伯部曲饥民，因武平路饥荒免今年田租，任命张立道为礼部尚书出使交趾，免卫辉种仙茅户徭役，因乃颜、合丹叛乱，给相关地区蒙古人及民众提供牛畜、田器，严行益都等地畋猎禁令，违规者没收一半家产。
十一月，将甘肃荒地赐给昔宝赤合散等人耕种，派左吉出使新合剌的音，太白星侵犯房宿，裁减太府监冗员，撤销部分仓库，规定处理回回进献及售卖答纳珠的办法，赈济塔叉儿等地饥民，供给按答儿民户四月粮食，撤销海道运粮镇抚司，出现荧惑星、月亮侵犯其他星宿的天象，耽罗遣使进贡东纻，太史院灵台上举行三昼夜祀事，太阴侵犯岁星，郴州路达鲁花赤曲列因有罪被诛杀，重新设置会同馆，禁止沮扰益都淘金，新添葛蛮宋安抚等人来进贡，监察御史弹劾桑哥党羽，皇帝表明对部分人的处置态度，武平、平滦诸州饥荒，放宽猎禁且禁捕孕期动物，让中书省商议增加官吏俸禄，金齿国遣阿腮入朝觐见，荧惑星侵犯氐宿，将宣德龙门镇升为望云县并割隶云州，设置望云银冶。
十二月，恢复都水监，派官迎接云南鸭池所遣使者，因辽阳洪宽女直部民饥，借高丽粟赈济，将探马赤八忽带儿等六万户成丁者编入兵籍，高丽国鸭绿江西十九驿因乃颜反叛马畜被掠，给每驿四十头牛。大都饥荒，降价卖米二十万石赈济，下诏停止招集畏兀氏，对部分地区转运司和安抚司进行调整，宣政院请求免征宋全太后等人所属土地租税获批准，派铁灭等人出使他国，御史台建议停止钩考钱谷，朝廷让其商议后上报，设立河南江北行中书省，任命撒里蛮、老寿为大司徒领太常寺，中书省和何荣祖就江南征赋和官吏俸禄问题提出建议，朝廷批准商议办法，下诏停止钩考钱谷并对相关文卷管理作出规定，还遣使布告中外。出现月亮侵犯御女星的天象，对江北州郡和行省进行调整，赈济阔阔出饥民，阇里带请求增兵平定乃颜余党获批准，出现月亮侵犯东垣上相的天象，广济署大昌等屯因水灾免田租，平滦路等地饥荒出米赈济，别都儿丁因桑哥专恣曾不肯出仕，现仍任命为中书左丞，八番洞官吴金叔等人率部内附并进贡，下诏释放非杀人抵罪的囚犯，出现荧惑星侵犯房宿和钩钤的天象，将营田提举司升为规运提点所，疏浚运粮坝河并筑堤防，任命吃剌思八斡节儿为帝师统领诸国僧尼释教事，按惯例赐亲王等人金、银等物，安排僧罗藏等人做佛事，派人到东北海岳、济渎祈祷。户部上报天下户数、人口数及游食者数量，司农司上报诸路学校、垦地、植树、义粮情况，宣政院上报天下寺宇和僧尼数量，这一年共判处死刑五十五人。